Sí, una misma entidad (empresa o autónomo) puede utilizar su NIF o CIF en varias tiendas online usando la misma licencia de activación de Veri*Fac*Woo. Sin embargo, tienes que tener en cuenta que deberás tener una numeración diferenciada para las facturas de cada tienda, ya que la AEAT rechazaría facturas que, una vez recibidas en el registro, tuvieran la misma numeración o identificación que una ya generada anteriormente.
Ten en cuenta que el sistema Veri*Factu va almacenando de forma correlativa las facturas expedidas por una entidad siguiendo una característica denominada “trazabilidad”, que se refiere a que se pueda garantizar (y, en su caso, detectar) que no hay “huecos” o “saltos” en la secuencia de generación de los registros de facturación correspondientes a las facturas expedidas utilizando un determinado SIF de un obligado tributario, así como que dicha secuencia se corresponde con la de la fecha y hora de generación empleadas. Esto se consigue “encadenando” los registros generados por cada SIF de la entidad emisora, es decir, formando virtualmente una “cadena” debido a que dentro de los datos de cada registro generado figuran ciertos datos generados inmediatamente antes (y que, por tanto, permiten identificarlo), actuando a modo de “puntero” hacia él. Si esta cadena se viese alterada de algún modo (ruptura de la secuencia de punteros, fechas y horas no coherentes…), este hecho podría ser detectado. Más información aquí.